Природњачки музеј је 1939. године смештен у згради некадашње Прве женске гимназије.

Богатство природњачких збирки поделејено је на минералошку, петролошку, збирку фосилних и рецентних мекушаца, инсеката, птица, сисара, као и Генерални хербаријум Балканског полуострва. Природњачки музеј нема сталну поставку, а изложбена активност одвијаја се у Галерији Природњачког музеја.